세금을 덜 냈을 때 어떻게 하는지는 대부분 압니다. 수정신고를 하고 차액을 냅니다. 반대로 더 냈을 때는 어떻게 하는지 모르는 경우가 많습니다. 그때 쓰는 절차가 경정청구이고, 국세기본법 제45조의2가 근거입니다.
경정청구는 언제까지 할 수 있나
법정신고기한이 지난 후 5년 이내입니다. 이 기간 안이라면 최초 신고분이든 수정신고분이든 과세표준과 세액을 다시 정해 달라고 청구할 수 있습니다.
기한이 따로 붙는 경우가 하나 있습니다. 과세관청의 결정이나 경정으로 세액이 늘어난 부분에 대해서는 그 처분이 있음을 안 날(통지를 받았다면 받은 날)부터 90일 이내에 청구해야 하고, 이때도 법정신고기한 후 5년 안이어야 합니다. 고지서를 받고 한참 지난 뒤에 “그때 그 부분이 잘못됐다”고 다투려 하면 이 90일에서 막힙니다.
신고를 하지 않았어도 청구할 수 있나
아닙니다. 신고가 먼저입니다. 통상적 경정청구를 할 수 있는 자는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자, 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 자입니다. 신고 자체를 하지 않은 상태에서 낸 세금을 돌려 달라고 하면 청구가 부적법해 내용 판단으로 가지도 못합니다.
최근 판결에서도 같은 결론이 나왔습니다. 부가가치세를 신고하지 않아 과세관청이 세액을 결정했고, 납세자가 뒤늦게 경정청구를 했지만 법원은 신고서를 제출하지 않았으므로 경정청구권자가 아니라고 보았습니다(부산고법(울산) 2025누10072, 2026.4.23. 선고). 무신고 상태라면 기한후신고를 먼저 하고 그다음에 청구하는 순서를 밟아야 합니다.
청구하면 언제 답이 오나
세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 세액을 결정·경정하거나, 경정할 이유가 없다는 뜻을 통지해야 합니다. 2개월이 지나도록 아무 통지가 없으면 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지를 받기 전이라도 이의신청·심사청구·심판청구를 할 수 있습니다. 검토가 길어질 사정이 있으면 진행상황을 통지하도록 하고 있습니다.
실무에서 2개월이 그대로 지켜지는 경우는 많지 않습니다. 다만 기다릴지 불복으로 넘어갈지를 회사가 선택할 수 있는 시점이 법으로 정해져 있다는 점은 알아 둘 필요가 있습니다.
거부되면 그것으로 끝인가
아닙니다. 경정청구를 거부한 처분 자체가 불복 대상입니다. 이의신청·심사청구·심판청구를 거쳐 행정소송까지 갈 수 있고, 실제로 거부처분이 뒤집히는 사건도 적지 않습니다. 세무서가 국외 사용분 분담금에 대한 경정청구를 거부한 사건에서 법원이 거부가 위법하다고 본 예(서울고법 2022누54063, 2024.11.12. 선고), 타인 명의로 사업자등록이 된 사안에서 명의를 빌려준 사람이 낸 세금은 실제 사업자의 세액에 충당할 것이 아니라 본인에게 환급해야 한다며 거부처분을 취소한 예(조심2026중1072, 2026.6.29.)가 있습니다.
불복 경로의 차이는 이의신청·심사청구·심판청구는 무엇이 다른가에 정리해 두었습니다. 조문은 국세기본법에서 확인할 수 있습니다.
자주 묻는 질문
5년이 지났으면 방법이 없나요
통상적 경정청구는 막히지만, 판결로 거래가 다른 것으로 확정되거나 계약이 해제되는 등 나중에 사정이 바뀐 경우에는 별도의 문이 열립니다. 후발적 경정청구이고, 기한은 사유를 안 날부터 3개월입니다.
경정청구를 하면 가산세를 물게 되나요
경정청구는 더 낸 세금을 돌려 달라는 절차이므로 그 자체로 가산세가 붙지 않습니다. 다만 청구를 검토하는 과정에서 오히려 신고가 잘못된 부분이 드러나면 그 부분은 별도로 증액될 수 있습니다.
기장을 세무사에게 맡겼는데 누가 청구하나요
청구인은 납세자인 회사입니다. 대리인을 통해 제출하더라도 명의와 책임은 회사에 있으므로, 어떤 항목을 왜 돌려 달라고 하는지는 회사가 알고 있어야 합니다.