세무조사 기간은 며칠인가?
수입금액이 100억원 미만이면 20일 이내가 원칙입니다. 국세기본법 제81조의8 제2항은 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액이나 양도가액이 가장 큰 과세기간의 금액이 100억원 미만인 납세자에 대해서는 조사 기간을 20일 이내로 하도록 정하고 있습니다.
같은 조 제1항은 세무공무원이 조사대상 세목과 업종, 규모, 조사 난이도를 고려해 조사 기간이 최소한이 되도록 해야 한다는 원칙을 먼저 두고 있습니다. 실제 기간은 사전통지서에 적혀 오므로 통지된 조사기간을 기준으로 일정을 잡으시면 됩니다.
조사 기간이 늘어나는 경우는 언제인가?
법에 연장 사유가 열거되어 있습니다. 국세기본법 제81조의8 제1항 단서는 다음과 같은 경우에 세무조사 기간을 연장할 수 있도록 정하고 있습니다.
- 납세자가 장부와 서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우
- 거래처 조사나 거래처 현지확인, 금융거래 현지확인이 필요한 경우
- 세금탈루 혐의가 포착되거나 조사 과정에서 조세범칙조사를 개시하는 경우
- 천재지변이나 노동쟁의로 조사가 중단되는 경우
- 납세자보호관 등이 세금탈루 혐의와 관련해 추가적인 사실 확인이 필요하다고 인정하는 경우
- 납세자가 해명 등을 위해 조사 기간 연장을 신청한 경우로서 납세자보호관 등이 이를 인정하는 경우
첫 번째 사유를 눈여겨보실 필요가 있습니다. 자료 제출을 미루는 것이 조사 기간을 늘리는 사유로 규정되어 있습니다. 준비가 덜 된 자료를 붙들고 있기보다 현재 가능한 범위를 알리고 일정을 협의하는 편이 낫습니다.
연장에는 승인이 필요한가?
필요합니다. 20일 이내로 정해진 조사를 연장하는 경우, 최초 연장은 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고 2회 이후의 연장은 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장하도록 국세기본법 제81조의8 제3항이 정하고 있습니다.
즉 연장이 무제한으로 반복되는 구조가 아니라 회차마다 승인 주체가 올라가는 구조입니다. 조사가 예정보다 길어지고 있다면 어떤 사유로 연장됐고 승인을 받은 것인지 확인해 보시는 것이 부당한 요구는 아닙니다.
연장이 부당하다고 다툴 수 있나?
절차를 지켜 통지된 연장은 다투기 쉽지 않습니다. 조세심판원은 조심2022서8278 결정에서 처분청이 당초 조사기간이 끝나기 전에 「세무조사 기간 연장 통지서」에 연장 사유를 구체적으로 기재해 통지한 점 등을 들어, 조사기간과 연장에 중대한 하자가 있다고 보기 어렵다며 심판청구를 기각했습니다.
뒤집어 보면 확인할 지점이 분명해집니다. 연장 통지서를 받았는지, 거기에 법에 정한 연장 사유가 구체적으로 적혀 있는지, 그리고 그 통지를 당초 조사기간이 끝나기 전에 받았는지입니다. 이 세 가지가 지켜졌다면 연장 자체를 문제 삼기는 어렵습니다. 반대로 어긋난 부분이 있다면 그때 기록해 두신 통지서가 근거가 됩니다.
조사가 길어질 때 회사는 무엇을 할 수 있나?
기록을 남기는 것이 먼저입니다. 요청받은 자료와 제출한 날짜, 담당자 사이에 오간 확인 내용을 정리해 두십시오. 조사 범위나 기간에 다툼이 생겼을 때 근거가 됩니다.
납세자보호위원회에 심의를 요청하는 절차도 마련되어 있습니다. 조사 첫날 납세자권리헌장을 교부받을 때 이 절차에 대한 설명을 함께 듣게 되어 있으므로 그때 확인해 두시는 편이 좋습니다. 사전통지 단계에서 확인할 사항은 세무조사 사전통지를 받으면 무엇부터 확인해야 하나에 정리해 두었습니다.
자주 묻는 질문
수입금액이 100억원을 넘으면 기간 제한이 없나요?
20일이라는 기준이 적용되지 않을 뿐 기간을 마음대로 정할 수 있다는 뜻은 아닙니다. 조사 기간이 최소한이 되도록 해야 한다는 원칙은 규모와 관계없이 적용됩니다. 이 경우에도 조사기간은 사전통지서에 기재되어 통지됩니다.
회사가 먼저 기간 연장을 신청할 수도 있나요?
가능합니다. 세금탈루 혐의에 대한 해명 등을 위해 납세자가 조사 기간 연장을 신청하고 납세자보호관 등이 이를 인정하는 경우가 연장 사유에 포함되어 있습니다. 소명할 자료를 갖추는 데 시간이 필요하다면 검토해 볼 수 있는 선택지입니다.
조사가 중단되는 경우도 있나요?
있습니다. 천재지변이나 노동쟁의로 조사가 중단되는 경우가 연장 사유로 규정되어 있습니다. 중단 사유가 생기면 그 기간이 어떻게 처리되는지 조사팀에 확인하고 통지받은 조사기간과 대조해 두시는 편이 좋습니다.
글의 내용은 일반적인 기준입니다. 실제 판단은 회사의 거래 구조와 자료 상태에 따라 달라집니다. 개별 사안 확인이 필요하시면 상담문의에 남겨주시면 됩니다.

